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里程碑式的PEAKS X,解决你所有质谱数据的解读问题

BSI于11月6日发布了PEAKS的新产品——基于原有PEAKS Studio软件优良传统的PEAKS X。PEAKS X 是一款将基于肽段特征谱峰(feature-based)的识别方法加入到PEAKS 独特的de novo辅助分析工作流的软件,可以大大地提高鉴定的灵敏度,并且最大程度地提高基于深度鸟枪法的复杂蛋白质组的肽段鉴定率。这种创新的方法能够利用当前质谱仪的质量精度和分辨率的提升,将探索蛋白质组奥秘的局限性向前推进。

利用行业领先的质谱技术,通过PEAKS的蛋白质组学综合解决方案攻克未知谱峰的分析。

PEAKS X:新产品特性介绍

基于特征峰的多肽鉴定
现今的质谱数据基本都是由高分辨、高质量精度的质谱仪所产生,这可以通过提高数据分析的灵敏度来加以利用。PEAKS X改变了原来基于“一张MS/MS谱图 = 一个肽段”的DDA数据算法,采用基于MS1的特征谱峰检测算法,以提高多肽鉴定率,使得正确推断共同洗脱的肽段序列成为可能。

主要优势:
1、 增加了LC-MS/MS实验批次的重现性(feature-based)
2、 最大程度地提高基于深度鸟枪法的复杂蛋白质组的肽段鉴定率
3、 利用质量轴的再校正和谱图克隆可以区分嵌合谱图

由HCD碎裂模式下的Q-Exactive采集的Hela细胞系数据(PXD000999)分别经PEAKS Studio X 和PEAKS 8.5分析比较

Feature-based肽段鉴定步骤

直接对DIA数据使用数据库搜库

DDA和DIA采集模式都在快速发展,研究人员需要一种分析方法来同时平衡这两种采集模式的利弊。近几年,DIA这种采集方法越来越流行,是由于可以在选定的m/z窗口内获取所有母离子相应的所有碎片离子。这就突破了在DDA数据采集方法中,连续获得MS/MS的限制。
作为一个中立的蛋白质组学数据分析软件的开发者,BSI致力于提供一个全面的解决方案,以促进蛋白质组学研究,并且为质量标准实验室提供有效的支持。这样可以避免对于不同的数据来源和分析方法,需要使用不同的软件才能得到结果。
PEAKS X是一个全新的基于特征谱峰的鉴定方法,不需要构建谱图库,这样可以直接对DIA的全扫数据进行解析。可以直接分析从DIA扫描中获得的信号,以确定多肽的序列,这样就允许研究人员在谱图库的限制之外对数据进行探索。结合了de novo和feature-based两种方法,我们着手消除了在常规方法中的偏向性。


对内源性多肽鉴定的优化
对于内源性肽的分析,存在着来自于丰度和天然复杂性的挑战,使得数据分析十分困难。PEAKS X结合最新的MS技术,提高了肽的鉴定效率,如将de novo测序整合到数据库搜索、非酶解的多肽测序,以及对共洗脱肽段的解析,有效地解决了在内源性多肽分析中的痛点。

HLA多肽数据(PXD006939)中基于一级质谱的多肽特征峰鉴定列表

有两条多肽信息的嵌合谱图解析

对离子淌度质谱数据的支持
离子迁移谱-质谱(IMS-MS)通过加入了离子淌度这一分离维度,为复杂的生物或者化学复合物的分析,提供了一个令人瞩目的分析工作流,构建了四维数据信息。利用IMS-MS,离子是由经过缓冲气体的迁移率被分离的,这提供了根据离子的大小、构型、电荷和质量漂移率来区分离子的能力。因此,这可能解决在传统质谱中无法区分的那些离子的问题。离子淌度数据可以通过PEAKS查看其离子淌度-液相-质谱的四维图。通过增加维度,较小的样本量就可以提高鉴定灵敏度。

1.可使用PEAKS de novo、定性及定量的工作流分析IMS-MS数据
2.交互式数据可视化工具,可用于查看在m/z-rt或m/z-1/k0维度上的数据。
3.仪器中立;PEAKS支持任意厂商产出的IMS数据
4.为基于IMS的蛋白质组研究提供准确而敏感的定量分析(label-free,SILAC,TMT/iTRAQ)
5.简单易用的PEAKS用户交互界面将原始数据分类为IM-MS、IM-MS/MS和LS-IM/MS,研究人员可以方便地查看基于离子淌度的四维特征检测和特征峰分离。

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