您的位置:首页→新闻资讯

PEAKS Studio X+ :一款集大成的蛋白质组学质谱数据分析软件

新版本亮点
1、谱图库搜索算法
2、加入基于ID信息的非标定量(LFQ)工作流
3、PEAKS LFQ算法更新
4、新功能模块的引入--QC
5、在PEAKS de novo模块整合了优化的DeepNovo算法
6、支持diaPASEF数据分析

从PEAKS X版本到PEAKS X+,我们实现了用于基于任何类型LC-MS/MS的蛋白质组学数据完整分析工作流,所有的功能都在一个软件平台中得以应用。在PEAKS X中,我们已经加入了对DIA和离子淌度数据的支持。而在PEAKS X+中,用户将获得所有类型数据的分析。

谱图库搜索功能支持
在PEAKS X+版本中,可以对DDA或者DIA数据库使用谱图库搜索,产生可重复的精确的定性结果。新版本的PEAKS X+的谱图库搜索功能中,使用m/z,信号强度,归一化的保留时间加上离子淌度的碰撞横截面积值(CCS)(在加入PEAKS IMS模块使用)这些数据来进行DDA和DIA数据的谱图库搜索。基于AI的谱图预测大大提高了软件区分肽段正确匹配和错误匹配的能力。使用精确严谨的FDR评估整体结果,用户在保证DDA和DIA分析的准确性的同时,可以鉴定到更多的肽段。新加入的Spectral library search功能,用户可以在PEAKS一个软件中执行完整的分析工作流,由PEAKS分析结果导出谱图库,进行谱图库搜索后,可以将未得到匹配的谱图进一步采用database search和de novo sequencing模块进行数据深度挖掘。 由PEAKS产生的谱图库,包含全面的信息,将得到匹配以及未得到匹配的所有碎片离子导出为谱图库,同时,包含有保留时间信息,以及关联的序列数据库蛋白信息。通过产生这样一个综合型谱图库,用户可以很方便地用于下游数据分析。当PEAKS产生谱图库后,PEAKS X+将自动进行谱图库信息的质量控制和统计,同时以直方图展示出来。

使用谱图库,用户可以利用PEAKS X+构建的全新定性工作流对数据进行深度挖掘。兼容DDA和DIA数据,将spectral library search,database search和de novo sequencing三种方法结合。

PEAKS Studio这个独特工作流提供了一种创新性的解决方案,将分析集中在肽段谱图库,对研究目的进行靶向分析。在执行快速的谱图监测分析后,用户可以通过直接在工作流中启用database search和/或de novo测序得到超出谱图库限制的匹配结果。


在全新的定性工作流之后,用户可以执行定量分析。下图范例所示,对一组包含两个样本,每个样本3重复的SWATH数据集(PXD002952)使用PEAKS进行分析。样品掺入了3种不同的蛋白质组,并且以不同的比例加入(Human1:1, Yeast 2:1, E.Coli 1:4)。在PEAKS X+进行了spectral library search+ database search的定性分析,随后采用的LFQ定量方法。LFQ结果节点给出的全新的Density-Ratio分布图为用户直观地展示了在不同样本中,各蛋白组检测得到的实际比例与通过虚线所示预期比例的分布关系。

优化的非标记定量工作流

基于MS1峰面积的非标记定量方法,从经济上无需标记试剂,节约成本,实验前处理简单,操作方便,同时也能获得准确的定量信息。PEAKS提供了一个无偏向性的LFQ方法,每一个MS1的特征谱峰无论有没有二级谱都可以被定量。

然而,在一些实际应用中,很多人只关心那些能够得到肽段定性信息的特征谱峰。这样,PEAKS Q模块就针对这一应用需求,在X+中做了一些算法的调整,可以为大家提供更快速的LFQ方法——directed LFQ。即只针对检测到有定性信息的肽段特征峰进行定量,PEAKS能够在较短的时间内进行精确的LFQ分析,并且计算机的内存使用也较少。 在PEAKS X+中,ID-directed LFQ在LFQ分析中作为默认方法。如果用户希望切换不同的定量方式,那么可以在configuration中进行设置。

在PEAKS X+中,用户现在可以直观地看到通过应用PEAKS的ID transfer(match between run)的效率。通过ID transfer来减少因DDA采集模式获得数据的随机性和针对DIA数据使用谱图库而受到其定量深度局限性而导致的虚假缺失值的数量。

新加入的QC功能模块,用于对LC-MS数据进行质量控制
在PEAKS X+中可以很快地通过单独运行QC模块对原始数据以及结果进行可视化的统计展示,包括了质谱采集信息和液相色谱的统计,并且使用图形界面将这些结果用图和表进行展示。用户可以对所搜索数据的质量有一个全面的了解。此外,它还将提供一个度量标准来比较数据的质量,以确定是否存在MS或色谱方面的问题。
QC指标中包括显示每个周期中MS使用情况的图表(MS2/循环次数-测序分布)以及显示每个母离子峰宽的图表(全峰宽和最大半峰宽)。

加入保留时间预测进行优化的DeepNovo算法
PEAKS X+整合了基于深度学习的从头测序模型——DeepNovo。通过整合DeepNovo的算法,在de novo得到多个候选肽段序列并且它们具有相近的打分时,PEAKS能够通过加入肽段保留时间的预测,更准确的报告出肽段序列。下图所示,如何应用实测保留时间和预测保留时间的一致性来提高de novo测序的准确性。
用户可以看到我们在de novo肽段的结果列表中加入了几列新的信息,包括预测的保留时间和实测保留时间,以及二者时间差值。计算得到的数据也会以散点图的形式展示在结果的summary页面上,便于用户评估他们的de novo结果。

整合了离子淌度的数据,优化4D蛋白质组学方法。
对DIA数据的分析进行了优化,基于timsTOF Pro的diaPASEF采集模式,PEAKS构建4D蛋白质组学的DIA数据分析方法。
平行累积数据采集模式尽管会产生高度复杂的谱图,但是利用前置的色谱可以降低其复杂度。然后,通过在质谱仪内使用离子迁移作为额外的分离步骤,这种方法保证了在不降低吞吐量的情况下降低数据复杂性。这种方法称为平行累积连续碎裂(PASEF),可使用PEAKS IMS附加模块对Bruker的timsTOFPro仪器提供数据分析支持。

上一篇:加拿大BSI与上海豆谷信息科技参展第十届中国蛋白质组学大会
下一篇:PEAKS 为您提供SARS-CoV-2&COVID-19治疗研究的助力
微信关注
产品与服务
产品中心
技术服务
下载中心
视频下载
资料下载
新闻与活动
活动中心
新闻资讯
关于我们
招贤纳士
合作伙伴
联系我们
备案号:沪ICP备18003966号-1
Tel:+86-21-54155562
Fax:+86-21-60763798
E-mail: sales@wandougu.com
Add:上海市松江区沪松公路 1399 弄 69 号 718
Copyright 2017wandougu. All rights reserved.

用户登录

用户注册