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PEAKS 为您提供SARS-CoV-2&COVID-19治疗研究的助力

SARS-CoV-2引起的COVID-19(新冠肺炎)不仅仅影响了全中国人民的生产生活,也是人类命运共同体所面临的一个新挑战。Bioinformatics Solutions Inc.是由一群以华人科学家为主导的算法团队,在质谱数据分析领域拥有多年的经验积累,为快速发展蛋白质组学以及生物药行业提供了世界领先的算法和软件解决方案,上海豆谷信息科技作为BSI在中国的合作伙伴,在这个特殊时期,我们希望能够联手为国内的抗疫战斗做一些力所能及的工作。

1. 目前在抗击SARS-CoV-2病毒疫情中,除了进行紧急的临床治疗以外,首先可对人体中产生的针对SARS-CoV-2病毒的抗体分离,国内已有一些单位在做这项工作,包括抗原抗体反应测试。BSI可以提供PEAKS AB抗体测序服务,确保序列100%准确覆盖和氨基酸水平的100%准确性。BSI开发了独特的抗体蛋白表征技术,通过自己特有的PEAKS AB软件,采用多酶联合酶解的实验方法,基于peptide de novo以及抗体自动化组装的算法[1],为用户提供快速而准确的抗体测序服务。PEAKS AB抗体测序服务包括重链和轻链全长的抗体测序,适用于所有物种、各类亚型和异源型抗体。此外还可以提供包括完整分子量,肽图等抗体综合表征信息,以便于生产过程中的质量控制,我们期望能够通过PEAKS AB抗体表征服务与广大用户进行深入地合作。

简单介绍一下应用在此抗体测序服务中的分析平台PEAKS AB--是一个全自动对抗体进行蛋白水平de novo 测序,对其修饰和序列突变分析进行表征的分析平台。软件能够从质谱原始谱图数据,提供肽段de novo测序结果,并将其中可靠的序列标签组装为完整抗体蛋白序列。

2. 此外SARS-CoV-2的疫苗制备方面,PEAKS的核心算法--基于人工智能的de novo多肽测序也为蛋白质组/多肽组的研究提供思路。病毒在感染人体后也会类似肿瘤一样会在人体内产生新抗原,筛选这些新抗原可以用于制备疫苗。在病毒新抗原的检测中,采用高分辨质谱,特别是采用DIA采集模式的质谱方法,对于生物样本中低丰度的新抗原肽段检测有着自己的优势。PEAKS的组学产品线Studio/Online利用了内置的Deep-Novo算法,可以对DDA和DIA数据兼容性地进行从头测序,特别是大多数新抗原肽的序列并不存在于已知序列数据库中,那么采用de novo的方法对样品中的肽段序列直接进行分析,是最为直接的方法[2]。同时,PEAKS的同源搜索算法SPIDER也可以利用已有序列数据库的信息,结合de novo解决可能序列突变问题。PEAKS的算法已经在肿瘤新生抗原的研究方向和病毒感染方向进行免疫多肽组和抗体分析中已经有所应用[3,4,5]

我们针对此次疫情,特别提出一系列对于SARS-CoV-2病毒以及COVID-19疾病与治疗研究的支持活动:

1. 所有基于该研究目的与方向的科研单位与企业,可以申请免费试用PEAKS Studio/Online软件。
2. 为国内客户提供抗体测序的服务,前3个抗体样品免费测序,后续抗体样品仅按成本价收取一定的测试费用。

诚然,各项临床前研究,到临床实验和获批上市,有很多的工作需要一一进行,如果我们能够在新抗原和抗体的研究阶段花费更少的时间、人力及物力,而获得更好的结果,就可能早日推进临床实验的可行性。

因此,我们期待与国内科研界同行,共同为新冠肺炎的治疗尽一份力量。如果您感兴趣的话或者正在进行新冠肺炎相关的研究,具体合作事宜欢迎通过下方联系方式与我们联系!

Tel:021-54155562/13764231640
Email:sales@wandougu.com



Reference:

[1] Tran N H, Rahman M Z, He L, et al. Complete de novo assembly of monoclonal antibody sequences[J]. Scientific reports, 2016, 6(1): 1-10.
[2] AI-based solution for Identification of Immunopeptides with LC-MS http://www.bioinfor.com/ai-based-solution-for-identification/
[3] Li, Hongzhao, et al. "Hypothetical endogenous SIV-like antigens in Mauritian cynomolgus macaques." Bioinformation 14.2 (2018): 48.
[4] Lomakin Y, Arapidi G P, Chernov A, et al. exposure to the epstein–Barr Viral antigen latent Membrane Protein 1 induces Myelin-reactive antibodies In Vivo[J]. Frontiers in immunology, 2017, 8: 777.
[5] Adamson P J, Al Kindi M A, Wang J J, et al. Proteomic analysis of influenza haemagglutinin-specific antibodies following vaccination reveals convergent immunoglobulin variable region signatures[J]. Vaccine, 2017, 35(42): 5576-5580.

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