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PEAKS Studio功能模块:数据库搜索

在传统的database search过程中,实验检测到的质量数会和当前选择的蛋白质序列数据库中各个蛋白的理论酶解肽段或肽段碎片离子质量数进行比较。搜索引擎会采用相应的打分算法对匹配度进行计算,匹配度最高的结果会作为搜库结果进行报告。如果可能的目标蛋白的确在序列数据库中,那么搜库的目标就是找到准确的蛋白信息。如果序列数据库不包含该蛋白,则尽可能找到相关物种的同源蛋白序列。

PEAKS studio 的DB Search功能结合了de novo sequencing,基于tag的搜库算法,提供更完整的多肽鉴定,包括各种修饰、序列突变和全新的多肽。


算法的灵敏度和准确度

PEAKS DB是基于tag的搜库算法,能够鉴定到更多的多肽,可以同时提高灵敏度和准确度。其独特的FDR评估方法——decoy fusion排除了错误使用target库和decoy库情况,算法更为保守。PEAKS DB是一个更加灵敏和准确的蛋白鉴定搜索引擎。关于算法参见技术支持的DB search打分算法和FDR算法部分。

PEAKS DB search的结果报告中,自动生成数据库搜索对蛋白鉴定的统计分析图表,帮助用户评估本次实验的数据质量,并且能够根据统计结果,轻松选择对结果过滤的标准(如FDR)。


结果可视化
PEAKS为用户提供了非常出色的结果可视化界面,除去在结果报告的总结视图,用户还可以从多角度对蛋白鉴定的结果进行评估。特别是protein coverage视图为用户提供了非常有用的信息,包括在一个蛋白中鉴定到的所有多肽,同时多肽的修饰位点信息和序列突变都以高亮的字符显示。

当用户点击其中一条鉴定的多肽,软件可以提供肽谱匹配的注释信息,同时当鼠标在氨基酸残基上移动时,为该氨基酸的分配提供支持的子离子信息在谱图上可以实时显示。

整合de novo sequencing

传统的搜索引擎的假设是,数据库中包括了我们样品中的蛋白质的序列信息,但是,实际上很多我们关心的重要蛋白质,例如单抗,并不包含在任何常用数据库中。所以这种搜库策略的缺陷在于,搜库得到的蛋白最多可以尽可能匹配用于检索的数据库,但是当数据库本身不完整的时候,就会造成大量的多肽不能被鉴定或者鉴定错误。

所以,整合了de novo sequencing 的PEAKS DB search,能够提供更为完整的肽段的鉴定,而不依赖于多肽是否存在于数据库中。

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