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PEAKS Q:蛋白质定量软件

PEAKS Q :定量模块

功能特点:

• 基于强度信息的高精度定量
• 适于非标定量以及标记定量,包括SILAC, iTRAQ, TMT(MS2/MS3), N-Terminal
• 支持复杂的实验设计
• 整合数据库搜索


了解单个蛋白质在复杂生物系统中的功能,通常需要测定蛋白质丰度的变化。例如:biomarker的发现和验证研究通常需要对蛋白质进行定量分析,对其在不同状态或者处理条件下的表达量变化进行鉴定以及验证,以此判断其表达量是否发生显著性的变化。研究者可以通过PEAKS Q对一组标记或者非标的LC MS/MS蛋白质样品的相对变化量进行测定与分析。

SILAC定量

氨基酸的稳定同位素标记(SILAC)法是在细胞培养中鉴定和定量复杂蛋白样品相对差异变化的一种比较经典的方法,作为目前体内同位素常用的标记方法,也是定量蛋白质组学常用的方法。

PEAKS Studio 8.5中的PEAKS Q 模块采用1) 改进的SILAC特征峰检测方法和2)SILAC对比及ID转移技术成功低提高了定量的准确度和灵敏度。PEAKS Q采用基于比例的量化方式,这样使得数据分析可以用于super-SILAC实验。通过引入多组比较,可以实现时间梯度型的定量。新模块PEAKS Q分别针对单组分析和多组比较可以进行成对t检验和Welch’s ANOVO分析。

点击这里了解更多PEAKS关于SILAC定量蛋白质组分析的详细信息。


Label-Free 定量

PEAKS中蛋白质相对定量是基于MS1中离子峰的强度信息。在label-free 定量实验中,样品通常分开收集进行处理及LC-MS/MS分析。针对实验结果中大量数据,PEAKS在离子峰自动对准和比较方面采取了灵敏并精确的算法。通过数据库搜索得到的MS2中的蛋白质/肽段定性信息也整合进蛋白质的定量分析中。

PEAKS选择Top-three unique peptides后,排除1)同时有修饰和非修饰形式的多肽,2)冗余多肽 这两种情况,然后对蛋白质比例进行计算。

对于独立或者相关的样品在进行分析比较时需要采用的t检验或ANOVA分析方法。在进行较大数量的检验分析时,对于更准确地估计错误发现率(FDR),P值的解释也会有所不同。

丰度排名前三的多肽用于蛋白质之间比值的构建


TMT/ITRAQ

同位素标签(TMT/ITRAQ)具有相同的质量和化学性质,使得轻重同位素可以共洗脱。这些标签在MS/MS中通过碰撞诱导离解(CID)被从肽段上分离下来,进而用于定量分析。

这个方法有一个挑战是在质谱鉴定的过程中TMT/iTRAQ标签的报告基团含量的测定可能会受到别的碎裂片段的干扰。MultiNotch MS3方法通过将multiplexing capacity和定量敏感度及精确度结合在一起解决了这个问题。PEAKS同时支持MS2和MS3定量。

有了PEAKS,你可以扩大样本数量进行大规模的蛋白质定量研究,需要参考通道以确保定量的准确性。



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