您的位置:首页→PEAKS inchorus

Multi-Engine DB: inChorus

inChorus—多重搜索引擎对多肽共鉴定

如果你也能够使用其他的数据库搜索软件,PEAKS的inChorus功能可以将PEAKS DB的数据库搜索结果和其他软件搜索结果结合起来。多重搜索引擎结果的合并不仅增加了序列覆盖度,而且由于各搜索软件使用独立的算法所以各自的结果也可以互相印证。事实上,PEAKS inChorus可以直接调用多个软件的检索结果并且把全部结果展示在统一的图形用户界面里,这样可以节省手动进行不同软件检索工作以及分别加载结果的时间。

PEAKS inChorus将来自Mascot, X!Tandem, OMSSA, and Proteome Discoverer (Sequest)多种蛋白质组检索软件的结果合并在一起。inChorus直接调用Mascot, X!Tandem, and OMSSA的结果,这些结果可以在PEAKS inChorus中自动读取并进行合并。


结果展示

多个蛋白质组检索软件的结果展示在统一的用户界面里,其中engine图标表示哪个或者哪些软件鉴定到了相同的peptide-spectrum match (PSM)。蓝色背景的软件表示相应PSM在该软件中的score值高于软件设置的得分阈值,而白色背景则表示相应PSM在该软件中的score值低于软件设置的得分阈值。


PEAKS inChorus对结果验证和过滤非常简便。用户对目标指定FDR(false discovery rate)后,相应算法会调整各个检索软件的score threshold以满足FDR条件。例如,目标FDR设置为1%,算法会选择单个检索软件的threshold,这样就(1)所有软件都会设置相同的FDR,(2)整合后的FDR为1%(Figure3)。高级用户也可以自行设置单个检索软件的score threshold。PEAKS inChorus另外一个优势就是“de novo only” 多肽序列。这些图谱中得到的高度可信的de novo sequencing结果并没有在其他检索软件中得到可信的解释,但可能会涉及新的研究发现。




微信关注
产品与服务
产品中心
技术服务
下载中心
视频下载
资料下载
新闻与活动
活动中心
新闻资讯
关于我们
招贤纳士
合作伙伴
联系我们
备案号:沪ICP备18003966号-1
Tel:+86-21-54155562
Fax:+86-21-60763798
E-mail: sales@wandougu.com
Add:上海市松江区沪松公路 1399 弄 69 号 718
Copyright 2017wandougu. All rights reserved.

用户登录

用户注册